La segunda parte de la nueva saga inspirada en la ficción de origen japonés nos muestra a los esfuerzos de una agencia especializada en animales exóticos y ocultos ante el descubrimiento de un grupo de monstruos titánicos.

En esta entrega veremos al clásico Godzilla coincidir, de modo no necesariamente positivo, con Mothra (una polilla gigante), Rodan (una especie de terodáctilo enorme) y Ghidorah ( un dragón de tres cabezas, famoso por ser el némesis de Godzilla).

Su aparición desatará una competencia por la supremacía como especies ancestrales, dejando en total vulnerabilidad a una especie, tan frágil en comparación, como la humana.